復興税が創設されたことから、平成25年1月から源泉徴収の実務は変わります。
具体的には、所得税の源泉徴収義務者は、所得税を徴する際に、徴収する所得税に加えて復興特別所得税（徴収する所得税額に2.1％の税率を乗じて計算した金額）も源泉徴収しなければなりません。
条文の規定に則した計算
源泉徴収すべき復興特別所得税を「上場株式等の配当金15,210円」を例に条文に則して計算すると次のようになります。
なお、いずれの徴収税額も国税通則法の規定に従って、課税標準及び確定税額の1円未満の端数は切り捨てて計算します。
「所得税額」
15,210円×7％＝1,064円
「復興特別所得税」（課税標準1,064円）
1,064×2.1％＝22円
所得税及び復興特別所得税の徴収税額は、合計1,086円となります。
しかし、上記のように「所得税額」と「復興特別所得税額」をいちいち計算することは、事務処理上煩雑で面倒です。そこで、実務では、一度に計算すべく、合計税率（所得税の源泉徴収税率（％）×102.1％）を用いて計算することになるものと思われます。
上記例で計算しますと、7％×102.1％＝7.147％の合計税率となり、15,210円×7.147％＝1,087円（1円未満の端数切捨て）の徴収税額になります。
1円の違いが生じるが？
事例の上場株式等の配当では、その都度計算と合計税率での計算では1円の違いが生じてしまいます。これは、国税通則法による課税標準及び確定税額の1円未満の端数切捨てにより生じる差異です。
そこで、復興特別所得税では、いずれの計算によっても差異が生じないよう課税標準及び確定税額の端数処理に特別な規定を定めています。
つまり、国税通則の規定を適用しないで、課税標準においては1円未満の端数は切り捨てないで計算し、確定税額にあってはそれぞれの確定税額を合計した上で1円未満の端数を切り捨てる仕組みになっています。
上記事例で確認してみます。
「所得税」
15,210円×7％＝1,064.7円
「復興特別所得税」（課税標準1,064.7円）
1，064.7×2.1％＝22.3587円
合計1,087円（1円未満切り捨て）
結果的には、合計税率を用いて計算できることになっているようです。
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